다주택자 양도세 중과 유예 종료 영향이 5월을 앞두고 가장 뜨거운 부동산 세제 이슈가 되고 있습니다. 2026년 5월 9일을 끝으로 약 4년간 이어지던 다주택자 양도세 중과 한시 배제 조치가 종료되고, 5월 10일 이후 양도분부터는 「소득세법」 제104조 제7항에 따른 기본세율 + 20·30%p 중과세율이 다시 적용되기 때문입니다.
안녕하세요, 대한변호사협회 등록 부동산·건설 전문 변호사이자 대한상사중재원 중재인으로 활동하고 있는 최종모 변호사입니다. 본 글에서는 유예 종료가 다주택자에게 미치는 실질적 영향을 시뮬레이션과 함께 살펴보고, 일시적 1세대 2주택·임대주택 등록·부담부증여 등 합법적 절세 전략과 양도시점 분쟁·중과배제 거부 처분 행정쟁송 사례까지 변호사 실무 관점에서 정리합니다.
1. 양도세 중과 유예 종료 — 무엇이 어떻게 달라지는가
2022년 5월 10일 시작된 다주택자 양도세 중과 한시 배제 조치는 거래 활성화를 명분으로 수차례 연장되어 왔으나, 2026년 5월 9일을 끝으로 종료됩니다. 이는 시행령 개정으로 결정되었으며, 5월 10일 이후 양도하는 다주택자(1세대 2주택 이상)의 조정대상지역 내 주택 양도분에 대해 「소득세법」 제104조 제7항이 다시 작동하게 됩니다.
유예 종료 전·후 핵심 차이
| 구분 | ~2026년 5월 9일 양도분 (유예 적용) | 2026년 5월 10일 이후 양도분 (중과 적용) |
|---|---|---|
| 적용 세율 | 기본세율 (6~45%) 단일 적용 | 2주택 +20%p, 3주택 이상 +30%p |
| 장기보유특별공제 | 적용 (최대 30%) | 적용 배제 |
| 지방소득세 | 본세의 10% | 본세의 10% |
| 최고 합계 세율 | 약 49.5% | 최대 82.5% (3주택 + 지방세 포함) |
여기서 가장 큰 차이는 단순 세율 인상이 아니라 장기보유특별공제 배제입니다. 보유 기간이 길수록 공제 효과가 커지므로, 10년 이상 보유한 장기 보유 다주택자일수록 5월 10일 이후 양도 시 세부담 증가폭이 커지는 구조입니다.
5월 9일까지 토지거래허가 신청한 경우 — 보완 조치
정부는 시행령 개정과 함께 갑작스러운 거래 단절을 막기 위해 보완 조치를 함께 발표했습니다. 보도된 내용에 따르면 2026년 5월 9일까지 토지거래허가를 신청한 사안은 일정 기한 내 양도분에 대해 종전과 같이 중과 미적용이 유지되는 것으로 안내되고 있습니다.
- 기존 조정대상지역 주택: 5월 9일까지 토지거래허가 신청 후 계약일로부터 4개월 이내 양도
- 2025년 10월 신규 지정 조정대상지역 주택: 5월 9일까지 토지거래허가 신청 후 계약일로부터 6개월 이내 양도
구체 적용 기한·요건은 해당 시점 정부 공식 자료(국토교통부·기획재정부 보도자료, 「소득세법 시행령」 부칙 등)로 다시 확인하시기를 권합니다. 토지거래허가 대상 지역(강남3구·용산구 등)에서 매매를 진행 중이라면, 보완 조치 적용 가능성을 검토하기 위해 양도 전에 세무사·세무 전문가의 자문을 받아보시는 것이 안전한 선택입니다.
2. 양도 시점 판단 — 잔금청산일 vs 등기접수일
5월 9일과 5월 10일 사이의 단 하루 차이로 세부담이 수억 원대로 달라질 수 있어, 양도 시점 판단에 주의가 필요합니다. 이때 기준이 되는 것은 「소득세법 시행령」 제162조 제1항에 규정되어 있습니다.
「소득세법 시행령」 제162조 제1항 핵심 규정
- 원칙: 양도일은 해당 자산의 대금을 청산한 날(잔금청산일)
- 예외: 잔금을 청산하기 전에 소유권 이전 등기·등록을 한 경우 등기접수일
- 요약: 잔금청산일과 등기접수일 중 빠른 날이 양도일
즉 잔금일을 5월 9일로 맞추면 등기접수일이 그 이후라도 양도일은 5월 9일이 됩니다. 반대로 잔금을 5월 10일에 받기로 했다면 등기접수일을 5월 9일로 앞당기더라도 잔금일이 빠른 날이 아니므로 양도일은 5월 10일이 되어 중과 대상에 포함됩니다.
실무 주의 — 잔금 분할 지급의 함정
잔금을 분할로 받는 거래에서는 양도일 판단이 복잡해집니다. 일부 잔금만 5월 9일에 받고 나머지는 그 이후 받기로 했다면, 실제 청산이 완료된 날을 기준으로 판단해야 하므로 매매계약서, 잔금영수증, 통장 입금 내역 등을 시간 순서대로 정리해 두시기를 권합니다. 또한 잔금일을 5월 9일로 맞추기 위해 형식적으로 영수증을 발행했더라도, 자금이 실제로 이전되지 않은 사실이 확인되면 과세관청이 양도일을 부인할 수 있습니다.
3. 5월 9일 vs 5월 10일 양도 차이 시뮬레이션
실제로 단 하루 차이가 세부담에 어떻게 작용하는지, 1세대 2주택자가 조정대상지역 내 주택을 양도하는 경우를 가정하여 시뮬레이션해 보겠습니다. 아래 수치는 이해를 위한 가상 예시이며, 실제 세부담은 각종 공제·필요경비·누진세율 구조에 따라 달라지므로 세무 전문가의 시뮬레이션을 받아보시기를 권합니다.
가정 — 1세대 2주택, 조정대상지역, 보유 10년
- 양도가액: 10억 원
- 취득가액: 5억 원
- 양도차익: 5억 원 (필요경비·기본공제 단순화)
- 보유기간: 10년 (장기보유특별공제 적용 가능 시 최대 30%)
5월 9일 vs 5월 10일 양도 — 가상 비교표
| 항목 | 5월 9일 양도 (유예 적용) | 5월 10일 양도 (중과 적용) |
|---|---|---|
| 양도차익 | 5억 원 | 5억 원 |
| 장기보유특별공제 (10년 20%) | 1억 원 공제 | 적용 배제 (0원 공제) |
| 과세표준 | 약 4억 원 | 약 5억 원 |
| 적용 세율 구조 | 기본세율 (6~40%) | 기본세율 + 20%p (최고 60% 구간) |
| 예상 본세 (가상 수치) | 약 1.3억 원 내외 | 약 2.7억 원 내외 |
| 지방세 10% 포함 총세액 (가상 수치) | 약 1.4억 원 수준 | 약 3.0억 원 수준 |
※ 위 수치는 누진세율과 공제·필요경비·기본공제 250만 원을 단순화한 가상 시뮬레이션이며, 실제 신고 세액과 다를 수 있습니다. 양도 의사결정 전에 세무사 등 세무 전문가의 정밀 시뮬레이션을 받아보시기를 권합니다.
위 가상 비교에서 보듯, 동일한 양도차익 5억 원이라도 양도일이 단 하루 차이 나는 것만으로 세부담이 약 1.6억 원 가까이 차이날 수 있습니다. 양도차익 규모가 클수록, 보유기간이 길수록 그 격차는 더 커집니다.
4. 절세 전략 — 일시적 1세대 2주택·임대주택·부담부증여
5월 10일 이후에도 활용할 수 있는 합법적 절세 전략은 여러 가지가 있으며, 사안에 맞는 전략을 선택해 적용해야 효과가 극대화됩니다.
전략 1: 일시적 1세대 2주택 비과세 특례
「소득세법 시행령」 제155조 제1항은 ① 종전 주택 취득일로부터 1년 이상 경과한 후 신규 주택을 취득하고, ② 신규 주택 취득일로부터 일정 기한(2026년 4월 현재 원칙 3년) 내에 종전 주택을 양도하면 일시적 1세대 2주택자에 해당하더라도 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있도록 정하고 있습니다. 종전 주택 보유기간·신규 주택 취득 시기·종전 주택 양도 기한 등 세부 요건이 자주 개정되므로 양도 전에 시점별 적용 가능성을 확인할 필요가 있습니다.
전략 2: 임대주택 등록 — 의무기간 충족 시 중과배제
「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 등록 임대주택은 「소득세법 시행령」 제167조의3·제167조의10에서 정하는 의무기간(통상 8년 이상)과 임대료 증액 제한 등 요건을 충족하면 양도세 중과배제 대상이 됩니다. 다만 2020년 이후 단기임대(4년)와 아파트 장기일반임대 유형이 폐지되었고, 자진말소·자동말소 시 처리 규정이 세밀하게 나뉘어 있어 등록 단계에서부터 전문가 자문이 권장됩니다. 「조세특례제한법」 제97조의3(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례) 및 제97조의5(장기일반민간임대주택 등에 대한 장기보유특별공제율 추가 공제) 등 장기임대주택 관련 과세특례도 함께 검토할 수 있습니다.
전략 3: 부담부증여
주택을 자녀 등에게 증여하면서 그에 딸린 채무(예: 임대보증금, 담보대출)를 함께 인수시키는 방식이 부담부증여입니다. 채무 인수 부분은 양도로, 나머지 순수 증여 부분은 증여로 각각 분리 과세되므로, 일반 증여보다 세부담이 줄어들 수 있는 구조이지만 양도 부분에는 양도세가 그대로 적용됩니다. 따라서 5월 10일 이후 부담부증여를 진행하면 양도 부분이 다시 중과 대상이 될 수 있어, 가능하다면 5월 9일 이전에 등기까지 마치는 일정을 검토하실 수 있습니다.
전략 4: 비조정지역 주택부터 양도
비조정지역 주택을 먼저 양도하면 다주택자라도 「소득세법」 제104조 제7항이 적용되지 않아 기본세율과 장기보유특별공제가 유지됩니다. 1세대 2주택자가 보유한 두 주택 중 하나가 비조정지역에 있다면, 양도 순서에 따라 세부담이 크게 달라질 수 있습니다.
전략 5: 1세대 1주택 만들기
일부 주택을 자녀에게 증여하거나 매도해 1세대 1주택 상태에서 보유 2년·거주 2년(조정대상지역 취득분) 요건을 충족하면, 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있습니다. 다만 비과세 한도(실지거래가액 12억 원)를 초과하는 부분은 과세 대상이며, 세대 분리·실거주 요건 충족 시점 판단이 분쟁의 원인이 되는 경우가 있어 사전 검토가 필요합니다.
5. 유예 종료 후 분쟁 사례 — 잔금일 분쟁·중과배제 거부 처분 쟁송
변호사 실무에서 유예 종료 시점은 단순한 세율 변경이 아니라 다양한 행정쟁송으로 이어질 가능성이 높은 시점입니다. 실제로 과거 유예 시점 변경 시기마다 다음과 같은 분쟁 유형이 보고되어 왔습니다.
유형 1: 잔금일 5월 9일 vs 5월 10일 다툼
잔금일을 5월 9일로 맞추기 위해 일부 자금만 입금하거나 차용증으로 갈음한 사례에서, 과세관청이 실제 자금 이전이 5월 10일 이후에 이루어졌다고 판단해 중과세율을 적용하는 처분을 내리는 경우가 있습니다. 이 경우 매매계약서, 영수증, 통장 입금 내역, 카드·증빙 자료를 시간 순서대로 제시해 양도일이 5월 9일임을 입증해야 합니다.
유형 2: 임대주택 자진·자동말소 후 중과배제 부인
2020년 7월 이후 단기임대(4년)와 아파트 장기일반임대가 폐지되면서 의무기간 도달 전 자진·자동 말소된 임대주택의 양도 시 중과배제 적용 여부가 잦은 분쟁 대상이 되고 있습니다. 의무기간 1/2 이상 임대 여부, 자진말소 후 1년 내 양도 여부 등 세부 요건에 따라 결과가 달라지므로 사실관계 정리가 중요합니다.
유형 3: 일시적 1세대 2주택 종전 주택 양도 기한 초과
일시적 2주택 비과세 특례를 받기 위한 종전 주택 양도 기한은 시기별로 1년·2년·3년으로 변동되어 왔습니다. 양도 시점에 적용되는 기한을 정확하게 판단하지 못해 비과세 적용을 놓치고 중과세율이 부과되는 사례가 적지 않게 발생하고 있습니다.
유형 4: 1세대 1주택 비과세 부인 처분
30세 미만 자녀와 동거 중인 부모, 형제자매 공동 명의, 직장·학업으로 주민등록만 분리된 가족 구성원 등의 사안에서, 과세관청이 “생계를 함께 한다”는 이유로 별도 세대를 부인하고 다주택자로 판정해 중과세율을 적용하는 경우가 있습니다. 이때는 「국세기본법」상 이의신청·심사·심판청구를 거쳐 「행정소송법」 제20조에 따른 행정소송으로 다툴 수 있습니다.
분쟁 대응 절차 핵심
- 1단계: 처분 통지일로부터 90일 이내 이의신청·심사청구·심판청구 중 1개 (필요적 전치 — 「국세기본법」 제56조 제2항)
- 2단계: 결정 통지일로부터 90일 이내 행정소송 제기 (「행정소송법」 제20조)
- 병행 조치: 「행정소송법」 제23조 제2항에 따른 집행정지 신청 검토 (회복하기 어려운 손해 + 긴급한 필요)
중과세율이 적용된 양도세 처분에 대해서는 보통 「행정소송법」상 집행정지가 인정되기 쉽지 않으나, 가산세 누적·강제징수 임박 등 사정에 따라 인용 여부가 달라질 수 있어 개별 사안별 검토가 필요합니다. 양도세 중과 기준 자체에 대한 보다 자세한 내용은 별도 글로 다루는 다주택자 양도세 중과 기준 2026 글에서 확인하실 수 있으며, 관련 양도세 영역은 재개발 양도소득세 비과세 감면 요건, 조합원이 알아야 할 세금도 함께 참고하시기를 권합니다.
6. 핵심 요약 + 자주 묻는 질문 5가지
핵심 요약
- 2026년 5월 9일을 끝으로 다주택자 양도세 중과 한시 배제(유예)가 종료되며, 5월 10일 이후 양도분부터 중과세율이 적용됩니다.
- 유예 종료의 실질적 영향은 단순 세율 인상이 아니라 장기보유특별공제 배제까지 포함되어 장기 보유자일수록 부담 증가폭이 큽니다.
- 양도일은 「소득세법 시행령」 제162조 제1항에 따라 잔금청산일과 등기접수일 중 빠른 날입니다.
- 합법적 절세 전략으로 일시적 1세대 2주택 비과세, 임대주택 등록·의무기간 충족, 부담부증여, 비조정지역 주택 우선 양도, 1세대 1주택 만들기 등이 검토 가능합니다.
- 유예 종료 시점에는 잔금일 다툼·임대주택 말소 후 중과배제 부인·일시적 2주택 기한 초과 등 다양한 분쟁 사례가 보고되고 있습니다.
- 중과세 처분에 불복할 사유가 있다면 「국세기본법」상 전치 절차(90일) → 「행정소송법」 제20조 행정소송(90일) → 제23조 집행정지를 순차적으로 검토합니다.
FAQ — 자주 묻는 질문 5가지
Q1. 5월 9일 잔금을 받기로 했는데 매수인이 잔금을 미루면 어떻게 되나요?
잔금이 실제로 5월 10일 이후에 청산되면, 「소득세법 시행령」 제162조 제1항에 따라 양도일은 그 청산일이 됩니다. 매수인의 사정으로 잔금이 늦어지더라도 양도세 중과는 그대로 적용되므로, 계약서 단계에서 5월 9일 잔금일을 명시하고 지연 시 위약금·해제권을 두는 등 안전장치를 마련하시기를 권합니다. 이미 잔금이 늦어졌다면 매매대금 분할 지급 구조나 가등기 활용 등 대안을 세무·법률 전문가와 함께 검토할 필요가 있습니다.
Q2. 같은 다주택자라도 비조정지역 주택부터 양도하면 중과를 피할 수 있나요?
네, 「소득세법」 제104조 제7항의 중과는 조정대상지역 내 주택의 양도에만 적용되므로 비조정지역 주택부터 양도하면 다주택자라도 기본세율과 장기보유특별공제가 그대로 적용됩니다. 다만 양도 순서가 바뀌면 일시적 2주택 비과세 적용 여부가 달라질 수 있으므로, 보유 주택의 위치·취득가액·보유기간을 종합 시뮬레이션한 후 양도 순서를 결정하시기를 권합니다.
Q3. 임대주택을 자진말소했는데 양도세 중과배제를 받을 수 있나요?
임대의무기간의 1/2 이상을 임대했고, 자진말소 후 1년 이내에 양도하는 등 「소득세법 시행령」 제167조의3·제167조의10이 정하는 요건을 충족하면 중과배제를 받을 수 있는 경우가 있습니다. 「조세특례제한법」 제97조의3·제97조의5의 장기일반민간임대주택 과세특례도 별도로 검토 가능합니다. 다만 자진말소·자동말소 처리는 임대유형(단기·장기·아파트·비아파트)에 따라 결과가 다르고, 임대료 5% 증액 제한 준수 여부도 영향을 미치므로 양도 전에 세무 전문가의 사실관계 검토가 필요합니다.
Q4. 30세 미만 자녀와 함께 살고 있는데 자녀 명의 주택도 합산되나요?
「소득세법」 제88조 제6호와 「소득세법 시행령」 제154조 제1항·제2항은 1세대 판정 기준으로 동일 주소·거소에서 생계를 같이 하는지 여부를 봅니다. 30세 미만 자녀라도 일정 소득이 있고 별도 가구를 이루어 독립 생계를 유지한다면 별도 세대로 인정될 수 있으나, 단순 주민등록 분리만으로는 부족합니다. 과세관청이 생계 동일성을 근거로 합산하는 처분을 내릴 경우 「국세기본법」상 불복 절차로 다툴 수 있습니다.
Q5. 양도세 중과 처분을 받았는데 집행정지로 일단 세금 납부를 미룰 수 있나요?
「행정소송법」 제23조 제2항은 처분 등의 집행으로 인해 회복하기 어려운 손해를 예방하기 위해 긴급한 필요가 있는 경우에 한해 집행정지를 인정합니다. 양도세 처분의 경우 일반적으로 금전 납부의 손해는 회복 가능하다고 보아 집행정지가 인정되기 쉽지 않으나, 가산세 누적·강제징수 임박·사업 자금 동결 등 구체적 사정이 있으면 인용되는 사례도 있어 개별 사안별 검토가 필요합니다.
다주택자 양도세 중과 유예 종료는 단순 세율 인상이 아니라 양도시점 관리·절세 전략 선택·잠재 분쟁 대응까지 종합적으로 점검해야 하는 시점입니다. 5월 10일 이후 양도가 불가피하다면 임대주택 등록 검토·일시적 2주택 특례 활용·부담부증여 비교 등 다층적 절세 옵션을 시뮬레이션하고, 중과 처분에 불복할 사유가 있다면 전치 절차의 90일 기한을 놓치지 않도록 사전 점검하시기를 권합니다.
부동산 세제 분쟁의 전반적인 흐름과 단계별 쟁점은 부동산 분쟁 총정리, 유형별 쟁점과 법적 대응 가이드에서 종합 확인하실 수 있습니다.
본 콘텐츠는 최종모 변호사의 법률적 검토를 거쳐 작성되었습니다. 다주택자 양도세 중과 유예 종료 영향·잔금일 분쟁·임대주택 말소 분쟁·중과배제 거부 처분으로 어려움을 겪고 계시다면, 최종모 변호사 프로필을 통해 상담을 신청하실 수 있습니다.